Cofactor Genomics将负责利用Life Technologies的SOLiD系统进行测序和分析，而Sigma的Sage实验室将资助这项研究，提供样品，并创建一个免费的公共数据库来存放这些序列数据。此项计划欲以低覆盖度（大约4-5倍）对大鼠测序，并将那些基因组中发现的变异与Brown Norway大鼠参考基因组进行比较。

Cofactor Genomics拥有市场上三大主要供应商的测序仪，包括SOLiD、Illumina的Genome Analyzer和罗氏454的GS FLX，但其首席运营官Jon Armstrong表示，他们将在SOLiD系统在开展此计划，原因是能够借助SOLiD系统的低错误率在此覆盖度下检测可能的SNP。

他们将创建两种类型的测序文库，短插入片段文库和长插入片段mate pair文库。对于短片段文库，平均的插入片段大小为200 bp。对于mate pair文库，读长将为50 bp，平均的插入片段大小为3000 bp。

Armstrong认为，两种文库的组合将避免仅有一种文库所固有的任何偏向性。尽管短插入片段实现了更高的分辨率，但长插入片段文库提供了更佳的物理覆盖，以便让他们寻找更长的插入/缺失，以及倒位和转位。

这次计划的目标是将发现的变异编撰成册，以便协助研究人员创建出更好的动物模型，用于人类疾病研究。它还将协助Sigma的Sage实验室创建出更好的敲除大鼠。

2009年，Sigma公司等的研究人员利用锌指核酸酶（ZFN）技术成功培育首个靶基因敲除大鼠。ZFN技术是一种可诱导生物体内的DNA在特定位置产生双链断裂的重组蛋白。这种双链断裂刺激细胞的天然DNA修复路径，并导致DNA序列中特定位置的变化。

目前，研究人员正在对除Brown Norway大鼠外的其他品系进行研究，但是对于它们的序列还知之甚少。若想要开展基因敲除，就不得不使用Brown Norway的序列。Sage实验室主管Edward Weinstein认为，这些品系的测序将让基因敲除的全过程更加简单，因为它提供了更为准确的序列数据。